1、涵盖的范围不同

★ISO22000覆盖了全部食品链的各类组织。

★FSSC22000只是针对生产、制造类企业，偏重于一个生产组织，并通过PAS220让体系实施者和体系评估者，找到了PRP的具体要求。

2、执行时的侧重点不同

★ISO22000着重于食品链，在执行过程中更偏重于相互沟通、体系管理等。

- 首次认证分两阶段审核；

- 两次监督审核采取通知式审核；

- 证书3年有效。

★FSSC22000着重于单个组织，在执行过程中则更偏重于员工培训、文件控制、异物控制、产品放行等。

- 首次认证分两阶段审核；

- 两次监督审核中至少进行一次不通知审核；

- 证书3年有效。

3、认证依据不同

两者的差别在于专项技术规范、前提方案标准和方案附加要求。

★ISO22000认证的专项技术规范主要描述人力资源、前提方案、关键过程控制、产品检验的、追溯召回等内容。

★FSSC22000认证的行业类别前提方案标准，即ISO22002系列标准，新版的ISO22000也明确要求应依据ISO22002系列标准来建立前提方案。